梅州客家足球俱乐部原主教练是曹阳，曾任广东日之泉主教练。助理教练还包括谭恩德等。连续两年冲甲失败后，2015赛季谭恩德出任主帅，但在2015年5月26日被张军取代[16]。仅一个多月后，前国家队主教练戚务生成为新任主教练[17]，并最终成功带队冲甲。
2018年12月20日，俱乐部在其官方媒体平台上宣布，已正式聘请前北京国安梯队教练郑小田担任球队主教练一职。
2019赛季结束后，俱乐部官宣郑小田离任。[18]
2020赛季，俱乐部聘请有丰富执教、青训经验的巴西籍教练罗斯皮德出任球队主帅。[19]他带领球队杀入争冠组，最终列积分榜第5位，无缘中超，赛季结束后，罗斯皮德离队。[20]
2021赛季，俱乐部聘请塞尔维亚籍教练员米兰·里斯蒂奇出任主教练，梅州客家足球俱乐部总经理曹阳兼任领队，曲刚任助理教练、杨德欣任体能教练，施洛华任守门员教练。[20]
2022年3月，球队主教练仍是塞尔维亚籍少帅米兰·里斯蒂奇，新聘请了体能教练佩里奇。[21]
2024年1月3日，经俱乐部研究决定，在与米兰·里斯蒂奇的工作合同期满后不再续约，即日起不再担任梅州客家足球俱乐部主教练一职。[22]
2024年1月6日，梅州客家足球俱乐部官方宣布西班牙籍教练组进入主球队，巴勃罗出任新帅，哈维出任助理教练，大卫出任体能教练。[23]巴勃罗带领梅州客家球队踢出了11场比赛1胜5平5负仅积8分的成绩，无法达到俱乐部的要求，2024年5月18日俱乐部确定巴勃罗离任，由曲刚代理主教练。[24]2024年6月12日，俱乐部官方宣布再度聘请米兰·里斯蒂奇出任一线队主教练一职。[25]
2015年1月7日，继足协在其官网公布2025赛季职业联赛准入名单[26]后，梅州客家递补2025年中超联赛，米兰·里斯蒂奇在自媒体自宣继续执教梅州。[27]由於梅州客家在中超聯賽7連敗，2025年6月30日米兰·里斯蒂奇下課。[28]